Fondo Félix Parra

Adquirido por el Instituto Nacional de Bellas Artes y Literatura en 2008, este fondo quedó bajo el resguardo del MUNAL a partir del 2010. Está integrado por 444 piezas, de las cuales 217 son obras plásticas y 227 objetos personales y documentales del artista, entre los que destaca su epistolario familiar. 

Fondo Luis G. Serrano 

Donación clasificada en dos rubros: el acervo artístico donado en 2008 y conformado por 250 piezas entre óleos, acuarelas y dibujos; y el acervo documental, donado en 1995 e integrado por 479 expedientes que resguardan libros, cartas, apuntes, recortes, revista e investigaciones del artista. 

Fondo María Asúnsolo

Donación realizada en tres momentos: 1987, 1988 y 1993; integrada por 49 piezas: 44 obras plásticas que incluyen óleos, acuarelas, dibujos, grabados, fotografías y esculturas; así como 5 álbumes fotográficos, epistolares y hemerográficos de la promotora cultural María Asúnsolo. Destacan los retratos que le realizaron David Alfaro Siqueiros, Juan Soriano, Diego Rivera, Federico Cantú y Emiliano Di Cavalcanti.

Fondo Ricardo Pérez Escamilla

Adquirido en 2010, se encuentra dividido en dos rubros: el hemerográfico, que se preserva en la biblioteca del museo; y el gráfico, que consta de 1505 piezas, que se resguardan en las bodegas del recinto, entre las que destacan las litografías del siglo XIX. 

Fondo Elsa Rogo

Donación realizada en 2011 por el investigador y curador James Oles, constituida por 377 obras artísticas de diferentes técnicas, de las cuales 366 son acuarelas, 2 son dibujos y 9 grabados. Además, cuenta con un archivo documental de 88 piezas, 29 fotografías y 59 documentos, sobre los proyectos binacionales de las Escuelas de Pintura al Aire Libre.